Nasze zainteresowania badawcze obejmują metodologiczne postępy w nauce o danych i ich zastosowanie w aktualnych wyzwaniach biomedycznych, ze szczególnym uwzględnieniem postępu transkryptomiki i metagenomiki na drodze do medycyny precyzyjnej. Jesteśmy również aktywni w Międzynarodowym Konsorcjum MetaSUB, gdzie skupiamy się na tworzeniu testów metagenomiki środowiskowej w służbie zdrowia, jak również na umożliwieniu wykorzystania analizy mikrobiomu środowiskowego do celów kryminalistycznych.
Jesteśmy zainteresowani poszerzaniem wiedzy z zakresu genomiki funkcjonalnej, dążąc do wyjaśnienia roli tysięcy genów i produktów genowych, które wciąż nie są w pełni scharakteryzowane. Kluczowym źródłem informacji o funkcji genu jest czas, miejsce i siła jego ekspresji. Najczęstsze badania poszukują ekspresji różnicowej: różnic w ekspresji pomiędzy różnymi próbkami lub stanami. Jest to szczęśliwe, ponieważ niektóre z naszych ostatnich prac wykazały, że takie badania porównawcze są znacznie bardziej odporne na efekty platformy technicznej. Pomiary ilościowe są oczywiście bezpośrednio narażone na bias i szum. Kiedy pojawiają się nowe technologie, charakterystyka ich błędu i szumu pomiarowego, jak również późniejsza redukcja ich wpływu staje się krytycznym warunkiem wstępnym dla znaczących, powtarzalnych wyników. Wraz z naszymi współpracownikami wnieśliśmy kluczowy wkład w pierwsze systematyczne badanie mocy i ograniczeń RNA-seq w ramach konsorcjum US FDA MAQC-III/SEQC. Prace te kontynuujemy między innymi w ramach projektu SEQC2.
Kolejnym obszarem naszych zainteresowań jest badanie ekosystemów mikrobiologicznych środowisk zabudowanych w celu stworzenia molekularnego portretu miast. Aby osiągnąć ten ambitny cel współpracujemy z grupami z całego świata w ramach międzynarodowego konsorcjum MetaSUB.